たばこが日本に渡来し時期は定かでないが、１６世紀末に南蛮貿易によってもたらされたと考えられている。１７世紀初頭には既に喫煙・耕作が行われていたといわれる。

天文１２（1543）年に暴風雨にあったポルトガル船が種子島に漂着して鉄砲とたばこを伝えたといわれ、天文１２（1549）年宣教師のフランシスコ・ザビエルが布教のため音連れた鹿児島で、従者がたばこを喫い、煙を口から吐いたのを見て人々は「南蛮人は腹の中で火を焚いとる」と驚いたと語り継がれている。

「本朝食艦」という本に「初め蛮船の商夫、葉を巻いて筒をつくり、ひちりき状の如くにし（中略）のち蛮国吸管を伝う。これを畿世流と号す……」とあり、日本では、最初葉巻だったのがのつも間にか“きせる”になったといわれている。

日本ではじめてたばこの栽培を行ったのは、多くの文献では、慶長10（1605）年長崎の桜馬場、あるいは鹿児島の指宿としているが、新しい文献では、徳川家康の使命でフィリピンに赴いた宣教師カストロが復命のため慶長6（1601）年長崎県平戸に上陸し、たばこの種子を伝え家康には、たばこを原料とした薬と種子を献上したことがわかった。